При включении данной функции все звонки валяться на секретаря. А как сделать так чтобы внутреннии телефоны проходили на прямую.

У директора как правило создается клавиша Uscreening key (которая ссылается на таблицу фильтрации). Данная клавиша - список "белых" номеров, если таблица пустая, то все валится на секретаря.
В Specific telephone services/ Filtering table создаете таблицу, где указываете all directory number. В этом случае при заказе переадресации на секретаря уйдут только внешние звонки.